Schmögner gehört zu den Pionieren der abstrakten Kunst nach 1945 und war ein Mitgestalter des radikalen Neubeginns in der österreichischen Malerei des PostWar.
Nach seinen Studien in Wien und später in München kehrte er 1947 nach Wien zurück und konnte sich sehr bald in das Wiener Ausstellungsgeschehen integrieren.
Er war Mitglied der Künstlergruppe „Der Kreis“ und wurde 1953 in den berühmten „Art Club“ eingeladen, den eine kleine Gruppe von Künstlern bildete, die sich als erste mit der Aufnahme internationaler progressiver Kunstströmungen auseinandersetzte. Fruhmann, Hausner, Hollegha, Hundertwasser, Lassnig, Mikl, Rainer sind als Mitglieder zu nennen.
Publikum und Presse waren von den Präsentationen des „Art Club“ zumeist schockiert. Es ist heute kaum noch vorstellbar, wie ungewöhnlich die abstrakten Werke damals gewirkt haben müssen. Auch das Oeuvre von Schmögner wurde zuerst wegen seiner Abstraktion abgelehnt.
Sein Werk zeigt sowohl inhaltlich als auch technisch eine große Experimentierfreude. Neben Gemälden, deren Farb- struktur von beigemengten Sand geprägt ist, gibt es Collagen, Gouachen, Pastelle und Skulpturen.
Inhaltlich setzt sein Werk bei einer Formreduktion von Landschaft und Figur an. Eine Vorliebe für harmonische Gebilde ist offensichtlich. Er bevorzugte im Gegensatz zu den Künstlern des Informel wie etwa Rainer und Lassnig oder den strengen geometrischen Lösungen Mikls Anfang der 50er Jahre, phantasievolle, wohl durchdachte und pointierte Bildaussagen.
Auch ornamentale Formen sind mit Farbflächen kombiniert und die unterschiedlichsten Gestalten wechseln in ihrer Wirkung zwischen Fläche und Raum. Der Betrachter wird in eine angenehme Welt freier Assoziationen entführt.
1955 wurde Schmögner Mitglied der Wiener Secession. Er erhielt 1956 den Staatspreis sowie den Preis der Stadt Wien.